Szachulcowe spichrze stanęły na nabrzeżach Brdy i Młynówki na przełomie XVIII i XIX wieku. Pełniły funkcję magazynów dla produktów rolnych i spożywczych, które transportowane były drogą wodną. W połowie XIX w. wzrosło znaczenie transportu kolejowego, stąd częściowo zmieniono w tamtym czasie funkcję spichrzów. Nadal służyły do przechowywania towarów, jednak teraz były to wyroby bednarskie i spożywcze, porcelana, szkło i wyroby kamionkowe.

Między XV a XVIII wiekiem w Bydgoszczy znajdowało się około kilkudziesięciu spichrzy, żadne z nich jednak nie przetrwały do dnia dzisiejszego. Na ich miejscu pod koniec XVIII wieku wybudowano nowe magazyny, mimo to do dziś pozostało tylko kilka z nich. Większość została rozebrana lub zniszczona. Najważniejsze z nich to: zespół spichrzy na północnym nabrzeżu Brdy, które rozebrane zostały około 1900 r. podczas budowy kamienic przy Placu Teatralnym; spichlerz przy ul. Grodzkiej 5, rozebrany w 1940 r. przez hitlerowców; spichrze królewskie zbudowane przed 1789 r. w zakolu Brdy, zostały spalone i rozebrane w 1945 r., dziś w tym miejscu stoi Opera Nova; oraz dwa spichrze przy ul. Grodzkiej 13 i 15, spalone i rozebrane w 1960 r.

Spośród licznych dawniej spichrzów bydgoskich pozostało jedynie kilka budynków. W Spichrzu holenderskim przy ul. Grodzkiej 7 znajduje się obecnie stała wystawa „Pamiątki Bydgoskie” Muzeum Okręgowego. Biały Spichlerz mieszczący się przy ul. Mennica 1/2 na Wyspie Młyńskiej jest miejscem wystawy archeologicznej Muzeum Okręgowego. W dwóch Spichrzach nad Brdą (ul. Grodzka 9 i 11) znajdują się wystawy stałe i czasowe Muzeum Okręgowego. Spichlerz znajdujący się przy ul. Mennica 1 na Wyspie Młyńskiej mieści restaurację „Karczma Młyńska”. W Spichrzu na ul. Stary Port 13 mieszczą się instytucje komercyjne. Czerwony Spichlerz (ul. Mennica 8 – Wyspa Młyńska) natomiast jest miejscem Galerii Sztuki Nowoczesnej. Spichlerz stojący przy ul. Zaułek 22 to dziś oficyna tylna kamienicy przy ul. Długiej 53. Spichlerz szachulcowy (ul. Nowy Rynek 5) jest z kolei użytkowany przez cerkiew prawosławną p.w. św. Mikołaja.