Bydgoska Fara to najstarszy kościół w mieście. Wybudowana w latach 1346-1364, została doszczętnie spalona w pierwszej połowie XV wieku. Odbudowano ją dopiero na przełomie XV i XVI w. Świątynia pierwotnie miała jednego wiodącego patrona - św. Mikołaja Biskupa, natomiast od połowy XVI w. także św. Marcina.

XVI i XVII wiek to czas remontów i przebudowy katedry, a także założenia organów. W XVIII wieku kościół miał 15 ołtarzy, które zniszczono w latach 1807-1815. W czasie zaborów bydgoska Fara była jedynym czynnym kościołem katolickim w mieście. W 1924r. parafia farna została podzielona na cztery mniejsze parafie. Wówczas też odrestaurowano świątynię oraz cudowny obraz Matki Bożej z Różą, który od tej pory znajduje się w ołtarzu głównym.
Walki o wolność podczas II wojny światowej przyczyniły się do kolejnych zniszczeń świątyni, remontu dokonano w drugiej połowie XX w.

W 1993r. Fara została wyniesiona do godności Kolegiaty. 7 czerwca 1999r. Papież Jan Paweł II, podczas wizyty w Bydgoszczy, ustanowił Kolegiatę – Konkatedrą Archidiecezji Gnieźnieńskiej. 2002 rok to uroczyste obchody 500-lecia Fary. Poświęcenie Drzwi Jubileuszowych nastąpiło rok później. Po ogłoszeniu dekretu, w którym Papież Jan Paweł II ustanowił diecezję bydgoską (25 marca 2004r.) Fara została wyniesiona do godności Katedry. Matka Boska Pięknej Miłości, której obraz znajduje się w ołtarzu głównym tejże świątyni, została ustanowiona patronką diecezji.